準備好預處理的樣品，裝入無菌均質袋中；
打開均質器的門(可全開啟)，將無菌均質袋開口部分在關上門時夾住；
選擇好程序(如拍擊速度、拍擊時間等)，開始拍擊勻質工作；勻質完畢后，打開均質器的門，取出處理好的樣品，暫放在樣品架上。
無菌均質器可選配件：
可選購帶過濾網均質袋；
可選配一次性滅菌管。

微生物樣品的原始狀態可能是塊狀、糊狀、粉末狀等等，都須將其制成細化的液體狀樣品，才能有利于微生物的分析和接種。拍打式無菌均質器工作原理是：將原始樣本（大的需要剪成約10×10mm塊狀），與某種液體或溶劑放入均質袋，經本儀器拍打式無菌均質器的錘擊板反復在樣品均質袋上錘擊，產生壓力、引起振蕩、加速混合、從而達到溶液中微生物成分處于均勻分布狀態。拍打式無菌均質器適用于腦、腎、肝、脾等組織及微生物的均質處理，廣泛應用于食品、、分子學、毒素及細菌檢測等領域。